蔡元培改革封建教育，改革管理体制，进一步主张“沟通文理”

蔡元培改革封建教育，贯彻“思想自由，兼容并包”的办学原则
蔡元培数度赴德国和法国留学、考察，研究哲学、文学、美学、心理学和文化史，为他致力于改革封建教育奠定了思想理论基础。
改革封建教育
北京大学改革宗旨：改变学生的观念，整顿教师队伍，延聘积学热心的教员，发展研究所，广积图书，引导师生研究兴趣，砥砺德行，培养正当兴趣。蔡元培大学教育思想的基本特征是民主和科学，目的是要把大学办成高水平的教学科研中心。

贯彻“思想自由，兼容并包”的办学原则
“思想自由，兼容并包”也体现在教师的聘任上，蔡元培以“学诣为主”，罗致各类学术人才，使北大教师队伍一时出现流派纷呈的局面。
蔡元培任校长后，改革管理体制从而促进了学校的蓬勃发展
1912年由蔡元培主持制定的《大学令》中，即已确立了教授治校、民主管理的大学校务管理原则，规定大学设立评议会，各科设立教授会，但在北大没有得到很好施行。蔡元培初到北大时，仍然“是一切校务，都由校长与学监主任庶务主任少数人办理，并学长也没有与闻的”。
蔡元培进一步主张“学术分校”，在看到了文、理分科所造成的流弊之后，进一步主张“沟通文理”

蔡元培担任北大校长后，又进一步主张“学术分校”理由有两条：第一、文理两科，专署学里，其他各科偏重于致用；第二、文理两科，设有研究所，实验室等设备，如若遍设其他各科，就要增设病院，工场等，困难更大。
主张学术分校，大学专设文理两科，显然是对民国元年“大学以文理两科为主”见解的发展，目的是为了突出大学的性质在于研究学理，在蔡元培看来，“学”与“术”可分为两个名词，“学”为“学理”，“术”为“应用”。文、理是“学”，法、商、医、工、农皆为应用，为“术”。学与术虽然关系密切，但学为基本，术为枝干。
蔡元培在看到了文、理分科所造成的流弊之后，进一步主张“沟通文理”。他说文理是不能分科的，文科的史学、文学均与科学有关，而哲学全以自然科学为基础。