乾隆三十三年，阿桂以副将军偕经略傅恒领兵交战

乾隆二十九年，因阿桂镇压乌什维吾尔人民起义而受到乾隆帝的处罚
阿桂在京任军机大臣，最初很得乾隆帝的信任，经常委派他外出处理地方事务。他先后参予审理归化城都统法启案件，赴直隶霸州、文安等处督办疏浚事，以及乾隆二十九年（1764）以署四川总督的身分，巡查四川金川土司郎卡扰边等情况，都办得很妥当。

乾隆三十五年，乾隆又回缅甸之事革去阿桂的礼部尚书和镶红旗汉军都统等职
阿桂遭到的另一次挫折，是在他参与清朝对缅甸的战争时发生的。乾隆三十三年（1768），明瑞征缅兵败自尽身亡以后，乾隆帝即授阿桂为副将军，偕同经略大学士傅恒、副将军阿里衮再次进攻缅甸。同年三月，阿桂奉召回京，四月授兵部尚书，六月又出任云贵总督。