嘉庆元年，阿桂休假养病，于次年去世，享年八十一岁，追封谥号为文成

和珅曾想拉拢阿桂，但阿桂不想与他同流合污，始终洁身自好
乾隆五十四年（1789年），阿桂视察荆州堤工返京后，直到嘉庆二年（1797）病逝的九年时间内，他一直在京城处理政务，度过了人生道路上的最后一段里程。
乾隆六十年（1795年），乾隆帝禅位于其子颙琰，自己则称太上皇。次年，颙琰正式即位，是为嘉庆元年（1796年）。这年阿桂已八十岁，他因身体不适被准休假养病。谁知从此不起，于次年八月病死，终年八十一岁。阿桂死后，被赠太保，入祀贤良祠，谥号文成。

乾隆三十六年，阿桂再次参加大小金川之战，用了5年的时间运筹战事
乾隆十三年，参加大小金川之战，因未劾四川总督张广泗贻误军机罪，被逮。后复官，为江西按察使。乾隆二十一年，任参赞大臣、蒙古镶红旗副都统，戍守西北边疆。